快：整个实验流程的速度比探针捕获的时间要快3倍以上
简单：实验不需要探针捕获那么多步骤，简单易行
省钱：只需要合成特异性引物就可以了
多重PCR的分析流程图如上，基本上分成三个模块：原始数据质控，数据预处理，突变检测。
从结构上看，分析流程和标准的WES（全外显子测序）分析流程是类似的，那么差别在哪里呢？
有经验的读者应该知道，主要的差别就是在去除PCR重复这一阶段，通常的WES分析都是需要把比对后文件进行去重复的，但是多重PCR不需要这一步，具体原因就要从实验方式上面讲了。
实验方式通常的WES测序数据都是使用外显子探针对目标序列进行捕获，接着使用PCR对捕获结果进行扩增，然后进行建库上机测序。而多重PCR则没有探针捕获这一步，直接使用事先设计好的目标区域引物对基因组进行扩增就可以了。
这里我们可以看到，由于探针捕获比多重PCR多了一个PCR扩增过程，这个扩增过程实际上拿到的并不是最原始的模版序列，而是部分模版序列和模版序列扩增的产物，这个地方由于PCR的本身问题，扩增出来的探针产物并不一定是均一性的，可能有的模版多有的模版少，这样在上机测序的时候有些模版就会被测到很多次，所以我们需要进行去重复这一个步骤。
多重PCR则因为是特异性引物，第一轮的PCR是线性扩增，模版产物都是同一个数量级的，上机测序的片段都是目标序列，所以最后我们拿到的原始测序数据是不需要去重复的。
原始数据质控目前的测序大多数都是illumina的边合成边测序的二代测序技术，对测序数据影响最大的一般就是开头的几个bp的碱基和末尾的序列，一般来说开头的碱基质量值会波动，但还是在高质量的范围。但是末尾就不一样了，越到后面碱基合成的错误率就会越高，这是当前NGS测序读长普遍偏短的一个原因。质控的目的一般有两个：去掉非目标片段序列（一般是接头序列）和去掉低质量的测序序列（包括N碱基）。那么实际的操作步骤有哪些呢？
过滤测序fq序列的工具有很多，这里介绍一个Trimmomatic，官方下载地址石家庄白癜风医院治疗白癜风有什么偏方吗
